Der Begleitausschuss besteht aus 20 Personen und setzt sich zusammen aus zivilgesellschaftlichen Akteuren/Akteurinnen, darunter auch Vertreter/innen des Stadtrates und des Gemeinderates und Vertreter/innen des Ämternetzwerkes. Der Begleitausschuss wurde durch Beschluss des Stadtrates und des Gemeinderates berufen.
Bei der Besetzung des Begleitauschusses wurde berücksichtigt, dass beide Kommunen angemessen vertreten sind. In einigen Fällen ergeben sich Schnittstellen, da einige der Benannten weiteren Gremien, Verbänden, Vereinen, Parteien angehören. Auf Wunsch wurden Vertreter/innen benannt. Aufgrund der Struktur, Eisenach als kreisfreie Stadt und Wutha-Farnroda als kreisangehörige Gemeinde, wurde das Jugendamt Wartburgkreis aufgenommen.
Der Begleitausschuss entscheidet auf der Basis des LAP und der Programmleitlinien, welche Einzelprojekte gefördert werden und welche Fördermittel in welcher Höhe an wen vergeben werden. Dafür werden Förderschwerpunkte entsprechend der Ziele des LAP und Auswahlkriterien festgelegt. Anträge und Konzepte für Einzelprojekte werden nach diesen Kriterien vom Begleitausschuss geprüft. Der Begleitausschuss gibt unter Beachtung der kommunalen Haushaltsordnung, der Bestimmungen im Zuwendungsbescheid an die Kommune und den Programmleitlinien eine Empfehlung für die Vergabe der Mittel.
Weitere Aufgaben des Begleitausschusses sind die fachliche Begleitung der Einzelprojekte, die Initiierung bedarfsgerechter Einzelprojekte und die fachliche Einschätzung der Einzelprojekte.
Diese Arbeit wird durch die Koordinierungsstelle unterstützt. Er nahm seine Tätigkeit nach Erhalt des Zuwendungsbescheides im September 2007 auf und gab sich eine Geschäftsordnung. Die Geschäftsstelle des Begleitausschusses ist die Koordinierungsstelle.